双酚A诱导下双齿围沙蚕实时荧光定量PCR内参基因的筛选

薛圣伦, 黄艺, 孙嘉, 杨大佐, 周一兵, 赵欢. 双酚A诱导下双齿围沙蚕实时荧光定量PCR内参基因的筛选[J]. 生态毒理学报, 2019, 14(1): 144-152. doi: 10.7524/AJE.1673-5897.20180909001
引用本文: 薛圣伦, 黄艺, 孙嘉, 杨大佐, 周一兵, 赵欢. 双酚A诱导下双齿围沙蚕实时荧光定量PCR内参基因的筛选[J]. 生态毒理学报, 2019, 14(1): 144-152. doi: 10.7524/AJE.1673-5897.20180909001
Xue Shenglun, Huang Yi, Sun Jia, Yang Dazuo, Zhou Yibing, Zhao Huan. Reference Gene Selection for Quantitative Real-Time PCR in Perinereis aibuhitensis under BPA Exposure[J]. Asian Journal of Ecotoxicology, 2019, 14(1): 144-152. doi: 10.7524/AJE.1673-5897.20180909001
Citation: Xue Shenglun, Huang Yi, Sun Jia, Yang Dazuo, Zhou Yibing, Zhao Huan. Reference Gene Selection for Quantitative Real-Time PCR in Perinereis aibuhitensis under BPA Exposure[J]. Asian Journal of Ecotoxicology, 2019, 14(1): 144-152. doi: 10.7524/AJE.1673-5897.20180909001

双酚A诱导下双齿围沙蚕实时荧光定量PCR内参基因的筛选

    作者简介: 薛圣伦(1994-),男,硕士研究生,研究方向为海洋生物学和毒理学,E-mail:863955499@qq.com
  • 基金项目:

    辽宁省大型仪器设备共享服务平台能力建设基金;农业农村部北方海水增养殖重点实验室开放课题(2018-KF-15)

  • 中图分类号: X171.5

Reference Gene Selection for Quantitative Real-Time PCR in Perinereis aibuhitensis under BPA Exposure

  • Fund Project:
  • 摘要: 为了筛选出在双酚A诱导下双齿围沙蚕(Perinereis aibuhitensis)体壁组织中最适内参基因,以不同浓度双酚A诱导下双齿围沙蚕互补脱氧核糖核酸(cDNA)为模板进行实时荧光定量PCR,利用GeNorm、NormFinder和Bestkeeper三个软件对肌动蛋白(beta-Actin, Actin)、核糖体蛋白5(ribosomal protein L5, RPL5)、甘油醛-3-磷酸脱氢酶(glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase, GAPDH)、微管蛋白(β-tubulin, Tub)、琥珀酸脱氢酶(succinate dehydrogenase complex flavoprotein subunit A, SDHA)和组蛋白(Histone Cluster 1 H2A Family Member A, HH2A)这6个备选内参基因的表达量进行分析,筛选出稳定表达的内参基因。结果表明6个内参基因的基因表达量由大到小为Actin>GAPDH>SDHA>HH2A>Tub>RPL5,Bestkeeper软件分析得到6种内参基因稳定性排名为Actin>RPL5>SDHA>Tub>HH2A>GAPDH,GeNorm软件分析得出6种内参基因的稳定性排名为SDHA>RPL5>Actin>Tub>HH2A>GAPDH,Normfinder分析的结果为Actin>SDHA>RPL5>Tub>HH2A>GAPDH。综合以上结果确定双酚A诱导下双齿围沙蚕最优内参基因为Actin,不推荐GAPDH作为内参基因使用。推荐同时选取多对内参基因进行实验,可以进一步减少误差。
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出版历程
  • 收稿日期:  2018-09-09

双酚A诱导下双齿围沙蚕实时荧光定量PCR内参基因的筛选

    作者简介: 薛圣伦(1994-),男,硕士研究生,研究方向为海洋生物学和毒理学,E-mail:863955499@qq.com
  • 1. 大连海洋大学, 辽宁省海洋生物资源恢复与生境修复重点实验室, 大连 116023;
  • 2. 大连海洋大学, 农业农村部北方海水增养殖重点实验室, 大连 116023
基金项目:

辽宁省大型仪器设备共享服务平台能力建设基金;农业农村部北方海水增养殖重点实验室开放课题(2018-KF-15)

摘要: 为了筛选出在双酚A诱导下双齿围沙蚕(Perinereis aibuhitensis)体壁组织中最适内参基因,以不同浓度双酚A诱导下双齿围沙蚕互补脱氧核糖核酸(cDNA)为模板进行实时荧光定量PCR,利用GeNorm、NormFinder和Bestkeeper三个软件对肌动蛋白(beta-Actin, Actin)、核糖体蛋白5(ribosomal protein L5, RPL5)、甘油醛-3-磷酸脱氢酶(glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase, GAPDH)、微管蛋白(β-tubulin, Tub)、琥珀酸脱氢酶(succinate dehydrogenase complex flavoprotein subunit A, SDHA)和组蛋白(Histone Cluster 1 H2A Family Member A, HH2A)这6个备选内参基因的表达量进行分析,筛选出稳定表达的内参基因。结果表明6个内参基因的基因表达量由大到小为Actin>GAPDH>SDHA>HH2A>Tub>RPL5,Bestkeeper软件分析得到6种内参基因稳定性排名为Actin>RPL5>SDHA>Tub>HH2A>GAPDH,GeNorm软件分析得出6种内参基因的稳定性排名为SDHA>RPL5>Actin>Tub>HH2A>GAPDH,Normfinder分析的结果为Actin>SDHA>RPL5>Tub>HH2A>GAPDH。综合以上结果确定双酚A诱导下双齿围沙蚕最优内参基因为Actin,不推荐GAPDH作为内参基因使用。推荐同时选取多对内参基因进行实验,可以进一步减少误差。

English Abstract

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