大气细颗粒物暴露后小鼠肺组织microRNA差异表达谱芯片分析

侯天芳, 廖纪萍, 马元元, 张成, 王广发. 大气细颗粒物暴露后小鼠肺组织microRNA差异表达谱芯片分析[J]. 生态毒理学报, 2018, 13(1): 138-146. doi: 10.7524/AJE.1673-5897.20170621001
引用本文: 侯天芳, 廖纪萍, 马元元, 张成, 王广发. 大气细颗粒物暴露后小鼠肺组织microRNA差异表达谱芯片分析[J]. 生态毒理学报, 2018, 13(1): 138-146. doi: 10.7524/AJE.1673-5897.20170621001
Hou Tianfang, Liao Jiping, Ma Yuanyuan, Zhang Cheng, Wang Guangfa. Microarray-based Analysis of Differentially Expressed MicroRNAs in Mouse Lung Tissue Induced by Particulate Matter[J]. Asian Journal of Ecotoxicology, 2018, 13(1): 138-146. doi: 10.7524/AJE.1673-5897.20170621001
Citation: Hou Tianfang, Liao Jiping, Ma Yuanyuan, Zhang Cheng, Wang Guangfa. Microarray-based Analysis of Differentially Expressed MicroRNAs in Mouse Lung Tissue Induced by Particulate Matter[J]. Asian Journal of Ecotoxicology, 2018, 13(1): 138-146. doi: 10.7524/AJE.1673-5897.20170621001

大气细颗粒物暴露后小鼠肺组织microRNA差异表达谱芯片分析

    作者简介: 侯天芳(1988-),女,博士研究生,研究方向为大气污染与气道疾病,E-mail:tf_hou@bjmu.edu.cn
  • 基金项目:

    国家自然科学基金面上项目(No.81370106);北京市自然科学基金重点项目(No.7161013);首都卫生发展专项研究重点攻关项目(No.2016-1-4071);北京大学临床研究项目(No.PUCRP201303);国家重点研发计划(No.2017YFC1309500)

  • 中图分类号: X171.5

Microarray-based Analysis of Differentially Expressed MicroRNAs in Mouse Lung Tissue Induced by Particulate Matter

  • Fund Project:
  • 摘要: microRNAs作为临床疾病早期诊断的新型生物标记物越来越受到重视,为了进一步探究其在大气污染暴露后引起疾病的分子染毒机制。本研究通过建立大气污染小鼠染毒模型,利用Agilent芯片筛查小鼠肺组织中microRNAs差异表达谱,并通过实时荧光定量PCR方法验证芯片结果,使用TargetScan,PITA,microRNAorg数据对差异miRNA进行靶基因预测,靶基因富集的基因功能(GO)和信号通路(KEGG)分析。结果显示,大气细颗粒物暴露2周后小鼠肺组织microRNAs有显著差异表达谱,高剂量暴露组与对照组比较有4个miRNAs上调,低剂量暴露组与对照组比较有2个miRNAs上调,高剂量组与低剂量组比较,有4个miRNAs上调(标准为fold change值>= 2.0且P值<= 0.05),挑选差异明显的miRNAs进行qRT-PCR验证,miR-139-5p、miR-691及miR-340-3p变化趋势与芯片一致,生物信息学结果显示,差异表达的miRNAs所调控的靶基因明显富集于34个GO通路(包括RNA转录酶II启动子的转录,RNA拼接,DNA模板,蛋白质结合和核酸结合)和32个KEGG通路(主要集中轴突导向通路和癌症通路)。综上所述,大气细颗粒物暴露染毒可诱导小鼠肺组织中miR-139-5p、miR-691及miR-340-3p明显上调,且生物信息学分析提示中枢神经系统发育及癌症通路可能作为PM2.5暴露相关差异表达miRNAs调控靶基因介导的主要致病通路。
  • 加载中
  • 加载中
计量
  • 文章访问数:  1363
  • HTML全文浏览数:  1363
  • PDF下载数:  11
  • 施引文献:  0
出版历程
  • 收稿日期:  2017-06-21

大气细颗粒物暴露后小鼠肺组织microRNA差异表达谱芯片分析

    作者简介: 侯天芳(1988-),女,博士研究生,研究方向为大气污染与气道疾病,E-mail:tf_hou@bjmu.edu.cn
  • 1. 北京大学第一医院呼吸和危重症医学科, 北京 100034;
  • 2. 北京大学第一医院实验动物中心, 北京 100034
基金项目:

国家自然科学基金面上项目(No.81370106);北京市自然科学基金重点项目(No.7161013);首都卫生发展专项研究重点攻关项目(No.2016-1-4071);北京大学临床研究项目(No.PUCRP201303);国家重点研发计划(No.2017YFC1309500)

摘要: microRNAs作为临床疾病早期诊断的新型生物标记物越来越受到重视,为了进一步探究其在大气污染暴露后引起疾病的分子染毒机制。本研究通过建立大气污染小鼠染毒模型,利用Agilent芯片筛查小鼠肺组织中microRNAs差异表达谱,并通过实时荧光定量PCR方法验证芯片结果,使用TargetScan,PITA,microRNAorg数据对差异miRNA进行靶基因预测,靶基因富集的基因功能(GO)和信号通路(KEGG)分析。结果显示,大气细颗粒物暴露2周后小鼠肺组织microRNAs有显著差异表达谱,高剂量暴露组与对照组比较有4个miRNAs上调,低剂量暴露组与对照组比较有2个miRNAs上调,高剂量组与低剂量组比较,有4个miRNAs上调(标准为fold change值>= 2.0且P值<= 0.05),挑选差异明显的miRNAs进行qRT-PCR验证,miR-139-5p、miR-691及miR-340-3p变化趋势与芯片一致,生物信息学结果显示,差异表达的miRNAs所调控的靶基因明显富集于34个GO通路(包括RNA转录酶II启动子的转录,RNA拼接,DNA模板,蛋白质结合和核酸结合)和32个KEGG通路(主要集中轴突导向通路和癌症通路)。综上所述,大气细颗粒物暴露染毒可诱导小鼠肺组织中miR-139-5p、miR-691及miR-340-3p明显上调,且生物信息学分析提示中枢神经系统发育及癌症通路可能作为PM2.5暴露相关差异表达miRNAs调控靶基因介导的主要致病通路。

English Abstract

参考文献 (0)

目录

/

返回文章
返回